Cuando los investigadores descubren un fósil del Pokémon singular Mew, lo utilizan para llevar a cabo una creación que va en contra de las leyes de la naturaleza: Mewtwo, un Pokémon legendario destinado a ser utilizado como una herramienta de destrucción. Pero a medida que Mewtwo toma conciencia de su existencia, comienza a sentir resentimiento hacia sus creadores humanos.